《大图书馆的牧羊人》讲述男主角笕京太郎是位具有能预测马上会发生的事件能力的高中生，作为图书社的成员过着随波逐流的人生。但是因为有樱庭玉藻、御园千莉、铃木佳奈、高峰一景，再加上不知为何经常来凑热闹的小太刀凪，本来是最棒的读书空间的社团室变成了午休时间的教室一般喧闹。故事便围绕着这样一群人的日常展开，不过在某些特定的关键时刻，大家会收到以牧羊人之名义发送的短信。男主小时候曾收到编号第771号牧羊人的书签，内容是牧羊人的人生纪录。那么牧羊人究竟是谁呢？