《纳米核心》讲述故事的舞台设立在一个架空的星球元星（birthigin）。在这颗年轻的星球上，人类对未知的憧憬从来不会随着理性或者恐惧而止步,在一次次的进化与变革中，人类不断挑战造物主的行为终于导致了矛盾的激化。为各自理想而争斗的人们，以信仰代替笔墨，将和平时代划上句点的同时也点燃了星球的怒火，导致紫雾危机（purple fog）爆发。在人类面临生存危机的时刻，精英阶层所开展的n.s.p.计划却一度受挫，直到在纳米核心（nanocore）的介入下迎来他的诞生。这个本该是被精英阶层看做人类兵器未来进化方向的存在，却挣脱了自己命运的枷锁，来到一片失去信仰的土地上。他在成长中做出选择，在选择中逐渐成长，元星那浑浊的未来也因此而发生改变。