《无限斯特拉托斯第二季》讲述自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器IS（即斯特拉托斯之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提升到优先准位。 培育IS操纵者的学校IS学院每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。然而，主人公织斑一夏虽然是个男生却不知因为什么原因能够启动IS，因此他被强制送入了IS学院就读。织斑一夏从此成为女校中的万红丛中一点绿，从他青梅竹马的剑道少女帚开始，不同国籍不同性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。 突然侵袭的敌人，IS隐藏的秘密，以及织斑一夏和少女们的恋爱故事究竟将如何发展呢？