《奈克瑟斯奥特曼》讲述故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界看上去并没有发生太大的变化，但是近来世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT。他的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭队NR(Night Raider)。他们的任务就是秘密的消灭异生兽。新的敌人异生兽突然出现在拥有骄人战绩的夜袭队面前，他们陷入了苦战。这时，光之巨人奈克瑟斯奥特曼登场了。奈克瑟斯奥特曼的适能者·姫矢准也出现了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出属于自己的战斗空间“美塔领域”。他在巨大化后，将异生兽拉到这个空间内进行战斗。而且，ＴＬＴ的特殊飞行器合体后也可以进入这个空间，与奈克瑟斯一起作战。TLT的新队员，孤门一辉，与和仓队长以及其他的队员一起处理着繁忙的任务。可是自从他遇到姬矢准后便对自己的任务已经周围的环境产生了疑问。组织究竟隐藏着怎样的秘密、队员们的过去又是如何的、奈克瑟斯和异生兽的原形到底是什么？・・・孤门和姬矢准建立了深厚地友谊，并一步步地开始揭开谜底。