《魔法少女特殊战明日香》讲述21世纪。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争。魔法少女的战斗没有结束